Il Museo Civico e la Pinacoteca furono istituiti nel 1898 ed allestiti nell'ala nord-orientale del Palazzo Malatestiano, fatto costruire da Pandolfo III Malatesta tra il 1413 ed il 1421. La sezione archeologica documenta, esponendo materiali provenienti principalmente da rinvenimenti fortuiti dei secoli passati, le frequentazioni umane preistoriche a partire dal paleolitico e gli insediamenti protostorici del territorio fanese, con la civiltà appenninica, picena e gallica; un maggior spazio è riservato alla cultura romana, con una ricca sezione di epigrafia e di statuaria, tra cui la famosa statua della dea Fortuna e il cippo “graccano”. Al piano mezzano sono esposte le collezioni di ceramiche che vanno dal XV al XIX secolo, tra cui le ceramiche dell'antica farmacia di Sant'Elena, e le collezioni numismatiche, tra cui le medaglie malatestiane di Matteo de' Pasti.
La Pinacoteca, al piano nobile, presenta un'importante raccolta di quadri provenienti dagli edifici delle congregazioni religiose soppresse nel 1867, a cui si aggiunsero altri dipinti da donazioni che vanno dal XIV al XVII secolo, di scuola veneta, umbra, marchigiana, bolognese e napoletana, con opere di Domenichino, Guido Reni, Simone Cantarini, Guercino, Guerrieri, Mattia Preti. Completa l’allestimento una nuovissima installazione di fotografia moderna che dialoga con le opere d’arte artiche. La Sala Morganti al piano terra è adibita ad esposizioni temporanee.
E' possibile associare alla visita, compresa nel biglietto, l'area archeologica di Sant'Agostino, in via Vitruvio 9, aperta la domenica dalle 15.30 alle 18.30 (turni di visita di 45 minuti), previa prenotazione obbligatoria al numero tel. 0721.887845 in orario di apertura del Museo del Palazzo Malatestiano.
Dal 1 novembre 2024 sarà attiva la bigliettazione unica dei musei che afferiscono alla rete museale, cfr. per descrizioni e orari www.liveticket.it/retemusealeflaminia