Il Museo è ospitato in alcuni locali del seicentesco Chiostro dell'ex Convento di San Francesco, dove sono stati recentemente restaurati gli affreschi del portico e quelli dell'ex refettorio, databili al XVII e XVIII secolo. Tra le opere più interessanti sono alcune pale d'altare e dipinti provenienti dalla demolita Chiesa del SS. Crocifisso, una cornice lignea del XVI secolo ed una scultura in legno policromo raffigurante S. Alessio, del XVII secolo.
Una sezione espositiva comprenderà alcuni dei volumi più importanti della "Biblioteca Tomistica", fondo bibliografico seicentesco, raccolto da Monsignor Giambattista Corradi, erudito e prelato di Monsampolo, che lo destinò ad uso pubblico presso l'ospedale di Sant'Alessio. Le opere, oltre milletrecento volumi, trattano prevalentemente di teologia, di storia, di giurisprudenza e di medicina.
