Il museo, ospitato nei sotterranei dell'ex Convento dei Padri Agostiniani, (XVIII secolo), è allestito in sei ambienti e raccoglie centocinquanta dipinti e circa ottocento presepi provenienti da tutto il mondo, di diverse misure e materiali, costruiti con le tecniche più svariate. Di particolare interesse: una stampa del '700, alcune icone, un presepe francese in rame dell'800, un presepe palestinese in madreperla della prima metà del secolo, alcuni presepi in ebano provenienti dal Kenia, un presepe inciso su un cammeo di corallo proveniente da Torre del Greco. Completano la raccolta altri presepi in maiolica, cartapesta e carta di riso. Il museo è dotato di un impianto di amplificazione che diffonde gli accordi di musica antica ritrovati e riproposti da Jesper Christensen, un danese insegnante di clavicembalo. Nell'ultima stanza è narrata la "Storia della Salvezza" attraverso diorami di una serie di scene tratte dal racconto biblico ed evangelico.