Il Museo è ospitato, dal giugno del 1993, presso i sotterranei del Palazzo Rossini Lucangeli, un edificio storico la cui costruzione fu iniziata nel 1570 per volere del capitano Felice Rossini. I reperti raccolti sono esposti e suddivisi in varie sezioni.
Ricchissima è la sezione di paleontologia: fra i numerosi fossili, provenienti dal territorio maceratese, sono da segnalare reperti di flora fossile, una grande quantità di Invertebrati, cioè Molluschi - dalle splendidi Ammoniti fino ai Bivalvi ed ai Gasteropodi - Trilobiti e Echinodermi. La raccolta zoologica presenta un discreto numero di animali impagliati, soprattutto Uccelli, oltre a Mammiferi, parti di scheletri e corna di vari animali; Pesci e Rettili preparati a secco. Vi è anche una parte riservata alla collezione entomologica, rappresentata da numerosi esemplari di Coleotteri, oltre a Lepidotteri di varia provenienza.
Esiste anche una piccola sezione di Malacologia con una notevole presenza di conchiglie provenienti da mari ed oceani di tutto il mondo ed una di Mineralogia con una raccolta di minerali, cristalli e pietre dure, provenienti sia dall'Italia che dall'estero. E' in via di realizzazione un giardino pensile sul cortile adiacente al Museo.