Il Museo è dedicato a San Giuseppe da Copertino, Santo patrono delle Città di Osimo e Copertino (Le) e protettore degli studenti esaminandi. E' situato all'interno del Convento dei Frati Minori Conventuali, a sua volta inglobato nella area del Santuario omonimo, ed è stato allestito nelle stanze che ospitarono gli ultimi anni di vita del Santo, dal 1657 al 1669, anno della sua morte. Nella cappella privata, dove il Santo durante la celebrazione della Messa compiva i suoi mistici voli, è collocato uno splendido altare in legno, con una tela del XVII secolo che rappresenta la Nascita di Maria di un ignoto autore, che opera in ambito ridolfiano. Negli armadi sono conservate alcune vesti e gli abiti religiosi del santo, gli arredi liturgici, le immagini sacre, miniate su pergamema, ed altro materiale documentario risalente al XVI secolo. In una cameretta al piano superiore è conservato il prezioso piccolo organo regale ad ance che, nel suo genere, costituisce una e vera propria rarità. La Basilica, oggi dedicata a San Giuseppe da Copertino, si sviluppa attorno alla originaria Chiesa di San Francesco, consacrata nel 1234, ma del primitivo edificio resta soltanto la parte esterna, di cui si possono ammirare gli originali lineamenti romanici.