Il museo è intitolato alla memoria di Mons. Francesco Mazzieri, morto in Zambia nel 1984, missionario in Africa dal 1930, dove ha svolto ininterrottamente e fino alla morte la sua attività pastorale. Il museo, prima ubicato nella Chiesa di Santa Maria della Misericordia, è stato recentemente trasferito nella cripta della Chiesa Collegiata. Nell'edificio è stata allestita una raccolta di materiale etnografico prodotto nei luoghi di missione dove svolgono l'attività pastorale e di soccorso i missionari francescani. Questi prodotti artigianali sono realizzati in legno, ebano, avorio, malachite, rame, e altri materiali. Provengono soprattutto dall'Africa, e, in misura minore, da altri continenti. L'allestimento si sviluppa seguendo un percorso che alterna oggetti dell'artigianato provenienti dalle missioni, effetti personali di Mons. Mazzieri, memorie della sua vita, scritti e cronache riguardanti le missioni e l'attività di collegamento con le sedi francescane marchigiane (conventi di Osimo e di Castelfidardo, in particolare).