Il museo dedicato a Scipione Gentili, noto studioso rinascimentale, interprete della lex romana pubblica e privata, è ospitato nella Chiesa di San Sebastiano, prossima all'abside della collegiata, contigua all'oratorio di San Biagio con cui un tempo era comunicante. L'edificio già dal 1564 risulta sconsacrato e destinato ad altro uso. Dopo recenti lavori di ristrutturazione è stato riaperto nel 1995. Vi si conservano interessanti opere pittoriche databili dalla metà del XV secolo a tutto il secolo XVII oltre a tre sigilli comunali ed una ricca collezione archeologica di epoca celtica. Di particolare interesse sono le due tavole del ginesino Stefano Folchetti (1440 c. - 1514), il Matrimonio mistico di Santa Caterina d'Alessandria attribuito a Rodolfo di Domenico Ghirlandaio; una Madonna con Bambino e Santi di Vincenzo Pagani (1490-1568), una Pietà di Simone De Magistris datata 1584, alcuni dipinti del seicentesco pittore ginesino Domenico Malpiedi. Ma l'opera più prestigiosa di tutta la raccolta è il cosiddetto Quadro di Sant'Andrea, conosciuto come Battaglia fra Ginesini e Fermani attribuito a Nicola da Siena, autore del XV sec. Nella sezione moderna sono conservate opere grafiche di Servolini, Bartolini, Ciarrocchi, Mannini, un acquerello di Cantatore, alcune sculture di Patrizi, Pirrone, Lucchetti e Ricottini.